Kattegatcentret slog dørene op første gang i 1993. Siden er publikumsarealet udvidet, nogle akvarier er nedlagt og andre kommet til, og den interaktive, teknologibaserede formidling fylder mere og mere. 
En del af Kattegatcentret ser dog ud næsten som ved åbningen for 23 år siden. Formidlingen om Kattegat er slidt, skolelaboratoriet er småt og utidssvarende, og karantænefaciliteterne lever ikke op til nutidens krav. Samtidig er Kattegatcentret - ligesom alle andre attraktioner - underlagt et behov for konstant fornyelse for at klare sig i den benhårde konkurrence om gæsterne. 
Derfor har Kattegatcentret lavet en masterplan for de kommende års udvikling. 
Masterplanen omfatter: 
• “Hitdyr I” (i ny tilbygning) 
• Nye skoletjenestelaboratorier 
• ”Dybet” – et anderledes oplevelsesområde (i ny tilbygning) 
• “Hitdyr II” i den nuværende Kattegatafdeling 
• Overdækning af Kattegatcentrets største akvarium Oceanariet og omgivende arealer 
• Ny formidling om Kattegat 
• Temaudstillingsområde til tidsbegrænsede udstillinger i eksisterende konferenceområde 
• Forbedrede karantænefaciliteter 
• Siddepladser ved hajtanken 
• Omforandringer og udvidelse af Café Kattegat og tilhørende køkken 
• Nyt ind- og udgangsparti 
Etablering af masterplanens elementer er inddelt i tre etaper. 
Med masterplanen får Kattegatcentret 5 overordnede oplevelsestemaer og –ruter, nemlig “Hidyr I”, ”Hitdyr II”, ”Kattegat – havet i vores baghave, Tropiske have og temaudstilling, hvor tema og dermed navn skifter med få års mellemrum.